Salud y EPS
¿Quién paga la incapacidad: el empleador, la EPS o el fondo?
Actualizado el 6 min de lecturaPor el equipo editorial de Asesorías Jurídicas Colombia
En una incapacidad por enfermedad general, los días 1 y 2 los paga el empleador; del día 3 al 180, la EPS; del 181 al 540, el fondo de pensiones, y desde el día 541, la EPS. Se pagan dos terceras partes del salario los primeros 90 días y la mitad después, nunca menos del salario mínimo. El trámite ante la EPS lo hace el empleador.
Respuesta directa
Quién paga tu incapacidad depende de dos cosas: el origen de la enfermedad y cuántos días lleva. Esta guía cubre la incapacidad por enfermedad general o accidente común, que es la más frecuente. Si la incapacidad viene de un accidente de trabajo o una enfermedad laboral, la paga la ARL con reglas distintas.
Para el trabajador dependiente, el pago le llega a través del empleador: tú entregas la incapacidad, el empleador te sigue pagando en la nómina y luego le cobra a la EPS lo que le corresponde. No tienes que hacer el trámite de cobro: la ley lo pone en cabeza del empleador.
Quién paga cada día de incapacidad
Incapacidad por enfermedad general
| Días | Quién paga | Norma |
|---|---|---|
| 1 y 2 | Empleador | Decreto 780 de 2016, art. 3.2.1.10, parágrafo 1 |
| 3 a 180 | EPS | Decreto 780 de 2016, art. 2.2.3.3.1 (Decreto 1427 de 2022) |
| 181 a 540 | Fondo de pensiones (AFP o Colpensiones) | Ley 100 de 1993, art. 41, modificado por el Decreto 019 de 2012, art. 142 |
| Desde el 541 | EPS | Ley 1753 de 2015, art. 67, y Decreto 780 de 2016, art. 2.2.3.6.1 |
Cuánto se paga
| Periodo | Valor |
|---|---|
| Días 1 a 90 | Dos terceras partes (66,67 %) del salario o del ingreso base de cotización |
| Días 91 a 180 | La mitad (50 %) |
| Días 181 a 540 | Un subsidio equivalente a la incapacidad |
| Desde el día 541 | El valor que reconozca la EPS conforme al reglamento |
| Siempre | No puede ser inferior al salario mínimo (Corte Constitucional, C-543 de 2007) |
Qué dice la ley
Art. 121
Decreto Ley 019 de 2012
El trámite para el reconocimiento de incapacidades por enfermedad general y licencias de maternidad o paternidad a cargo del Sistema General de Seguridad Social en Salud deberá ser adelantado, de manera directa, por el empleador ante las entidades promotoras de salud. En consecuencia, en ningún caso puede ser trasladado al afiliado el trámite.
Fuente oficial: Decreto 19 de 2012 — Secretaría del Senado
El artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo fija el valor: dos terceras partes del salario durante los primeros 90 días y la mitad por el tiempo restante, hasta 180 días. La Corte Constitucional (C-543 de 2007) aclaró que ese auxilio no puede ser inferior al salario mínimo.
Para que la EPS reconozca la incapacidad, el afiliado debe haber cotizado como mínimo 4 semanas inmediatamente antes de que empiece (art. 2.2.3.3.1 del Decreto 780 de 2016, según el Decreto 1427 de 2022). Si no se cumple ese requisito, la discusión sobre quién asume el pago cambia y conviene revisarla con un abogado.
Entre los días 181 y 540, la EPS debe emitir el concepto de rehabilitación y enviarlo al fondo de pensiones; con base en él, el fondo paga el subsidio mientras se define la pérdida de capacidad laboral. La Corte Constitucional (C-270 de 2023) precisó que, aun con concepto desfavorable, el fondo debe pagar desde el día 181 hasta que se califique, sin pasar del día 540.
Plazos de la EPS y del empleador
15 + 5 días hábiles
Presentada la solicitud por el empleador, la EPS tiene 15 días hábiles para revisar y liquidar la incapacidad, y 5 días hábiles más para pagarla al empleador (art. 2.2.3.4.3 del Decreto 780 de 2016). Si se demora, debe intereses de mora. El empleador tiene 3 años, contados desde que te pagó, para pedirle el reembolso a la EPS.
Cada certificado de incapacidad se expide hasta por 30 días y se puede prorrogar por periodos iguales. Hay prórroga cuando entre una incapacidad y la siguiente no pasan más de 30 días calendario. Por regla general no se expiden incapacidades retroactivas en atención ambulatoria.
Qué hacer para que te paguen la incapacidad
Del certificado al pago
Pide el certificado de incapacidad
Debe expedirlo el médico tratante. Si te atendió un médico por fuera de la red de tu EPS, solicita que la EPS lo valide.
Entrégalo al empleador
Envíalo por un medio que deje constancia, como un correo electrónico, y guarda la copia. Esa es tu única obligación en el trámite.
Revisa la nómina
El empleador debe seguir pagándote durante la incapacidad, con el valor que corresponda. Si te descuenta los días o te paga menos del mínimo, reclama por escrito.
Lleva la cuenta de los días
Suma las prórrogas. Si te acercas al día 180, pregunta a la EPS por el concepto de rehabilitación y si ya lo envió al fondo de pensiones.
Si nadie paga, reclama
Derecho de petición a la EPS o al fondo, queja ante la Superintendencia de Salud y, si la incapacidad es tu único ingreso, tutela por afectación del mínimo vital.
¿Y si soy independiente?
El trabajador independiente que cotiza a salud también tiene derecho al pago de la incapacidad por enfermedad general, con los mismos requisitos de cotización. En su caso no hay empleador que asuma los dos primeros días ni que haga el trámite: el propio independiente, como aportante, presenta la solicitud a la EPS.
Revisa que estés al día en tus aportes antes de radicar, porque la EPS verifica la cotización al momento en que empezó la incapacidad.
Sigue leyendo en salud y eps
Cuándo necesitas abogado y cuándo no
Puedes hacerlo solo si
- Entregar el certificado al empleador y conservar la constancia.
- Revisar que la nómina refleje el valor correcto y nunca menos del mínimo.
- Pedir por derecho de petición a la EPS el estado del concepto de rehabilitación.
- Interponer tutela si la incapacidad es tu único ingreso y no te la pagan.
Necesitas abogado si
- La incapacidad supera los 180 días y la EPS y el fondo se pasan la responsabilidad.
- Llevas más de 540 días incapacitado y nadie paga.
- El empleador te quiere despedir mientras estás incapacitado.
- Hay discusión sobre si la enfermedad es de origen común o laboral.
Preguntas frecuentes
El empleador, cuando se trata de enfermedad general. Desde el tercer día la incapacidad queda a cargo de la EPS, aunque en la práctica el empleador te sigue pagando en la nómina y después le cobra a la EPS.
Área
Todo sobre salud y eps en Colombia
Subáreas, normas aplicables, plazos y cuándo conviene un abogado.